El no sentirse valorado fue la circunstancia que le llevó a iniciar contactos con la entidad barcelonista -siendo tildado como traidor por la afición madrileña-, que vio la oportunidad perfecta para resarcirse de los casos de Michael Laudrup y Luis Milla, quienes pusieron el año anterior rumbo a Madrid. Luis Enrique debutó en el cuadro merengue a inicios de los años 1990 donde tras cinco años jugando como titular en el club madrileño con un regular rendimiento, fue fichado por el F. C. Barcelona tras no renovar el club madrileño su contrato pese a que Míchel González, único jugador que le disputaba un puesto como titular, abandonó el club.